Küçük kara balık, annesiyle birlikte küçük bir derede yaşamaktadır. Günleri hep aynı geçer, çevresindekilerle birlikte aynı suyun içinde dönüp durur. Fakat bir gün, o sıradanlıktan sıkılır. Kendi kendine sorular sormaya başlar: Dünya gerçekten bu dereden mi ibaret? Acaba derenin sonunda ne var? Başkalarının kabullenip sorgulamadığı bu yaşam biçimini artık kabul edemez. O, sınırları zorlamak ve ötesini görmek ister.

Küçük kara balık bu düşüncelerini annesine ve çevresindeki diğer balıklara anlatır. Ancak hiçbiri onu anlamaz. Onlar, dış dünyanın tehlikelerle dolu olduğunu, suyun ötesine geçmenin imkânsız ve anlamsız olduğunu söyler. Küçük kara balık ise onların korkularıyla yaşamak yerine gerçeği kendi gözleriyle görmek ister. Ve bir sabah erkenden, kimseye haber vermeden yola çıkar.

Yolculuğu boyunca farklı canlılarla karşılaşır. Kimisi dostça yaklaşır, kimisi onu durdurmak ister. Karada yaşayan kertenkelelerle, yengeçlerle konuşur. Su altında gördüğü büyük yaratıklarla mücadele eder. Her adımı yeni bir öğrenme sürecidir. En büyük sınavlarından biri, balıkların korkulu rüyası olan balıkçıl kuşla karşılaştığı andır. Balıkçıl, onu yakalamaya çalışır. Fakat küçük kara balık, cesareti ve zekâsıyla bu tehlikeden kurtulmayı başarır.

Tüm bu deneyimlerin ardından küçük kara balık sonunda büyük denize ulaşır. Artık dünyanın sadece küçük bir dereden ibaret olmadığını, cesaretin ve sorgulamanın ne kadar değerli olduğunu öğrenmiştir. O artık yalnızca bir balık değildir. Kendi yolunu çizmiş, keşfetmiş ve dönüşü olmayan bir özgürlük yolculuğuna çıkmıştır.

Kitap, yaşlı bir balığın bu hikâyeyi yüzlerce küçük balığa anlatmasıyla sona erer. Bu anlatım biçimi, küçük kara balığın hikâyesinin bir efsaneye dönüştüğünü ve başkalarına ilham olduğunu gösterir. Onun cesareti artık yalnızca kendisine değil, tüm balıklara yol gösteren bir ışık olmuştur.