Roman, Robert Langdon, Harvard Üniversitesi’nde simgebilim profesörü olan bir bilim adamının gözünden anlatılır. Langdon, Paris’teki Louvre Müzesi’nde bir cinayet işlendiğini öğrenir. Cinayet kurbanı, müzenin küratörü Jacques Saunière, ünlü bir sanat tarihçisidir. Saunière, ölümünden önce, müzede önemli bir ipucu bırakmıştır: bir dizi şifre ve sembol, birer anahtar gibi, daha büyük bir sırrı ortaya çıkarmak için çözülmeyi beklemektedir.

Langdon, bir başka önemli karakter olan Sophie Neveu ile birlikte, Saunière’in öldürülmesinin ardındaki gerçeği araştırmaya başlar. Sophie, Saunière’in torunu olup, öldürülen adamın bıraktığı ipuçlarıyla bağlantılıdır. Langdon ve Sophie, çok geçmeden, Saunière’in gizli bir toplulukla bağlantılı olduğunu ve çok eski bir sırra sahip olduğunu keşfederler. Saunière, Louvre’daki bir dizi sanatsal sembol ve tarihi referansı çözerek, Hristiyanlık tarihinin ve dini inançların kökenlerine dair büyük bir gerçeği saklamaktadır.

Langdon ve Sophie, Avrupa’da farklı noktalara yolculuk ederek, eski tarikatların ve dinler arası gizli anlaşmaların izini sürerler. Özellikle, Da Vinci’nin Son Akşam Yemeği tablosundaki semboller, onları daha derin bir gerçeğe götürür. Bu sır, İsa’nın evlenmiş olduğu ve çocuğunun olduğu gerçeğini ortaya çıkarmaktadır. Bu sır, Hristiyanlık tarihinin en büyük gizemlerinden birini oluşturur: Kutsal Kase ve Kanlı Soy (Holy Grail) hakkındaki efsane.

Langdon ve Sophie’nin peşinden bir gizli toplum, Opus Dei adında katı bir Katolik tarikatı da gelir. Opus Dei, bu sırrın ortaya çıkmasını engellemeye çalışmaktadır, çünkü bu bilgi, Hristiyanlık’ın temel inançlarını sarsabilir ve büyük bir skandala yol açabilir. Langdon ve Sophie, Opus Dei’nin amansız takibine karşı, tarihi ve dini sırları çözmek için mücadele ederler.

Romanın sonunda, Langdon ve Sophie, tüm ipuçlarını birleştirerek, tarihsel bir gerçeği gün yüzüne çıkarırlar. Ancak, bu sır, sadece onlar için değil, tüm insanlık için büyük bir anlam taşımaktadır. Fakat, romanın sonunda, bu gerçeğin gün ışığına çıkıp çıkmayacağı, herkesin kendi inançlarına ve bakış açılarına göre değişir.

Da Vinci Şifresi, sanat, din, sembolizm ve gizemle yoğrulmuş bir hikaye sunar. Dan Brown, roman boyunca, okurları tarihi gerçekler ve spekülasyonlarla sarmalayarak, büyük bir arayış ve keşif yolculuğuna çıkarır. Roman, aynı zamanda, dinin ve inançların nasıl şekillendiği, tarih boyunca gizli kalmış sırların toplumsal yapıyı nasıl etkileyebileceği ve insanlık tarihinin ne kadar karmaşık olduğuna dair derin sorular sormaktadır.

Kitap, hızla bir sinemaya uyarlanmış ve dünya çapında büyük ilgi görmüştür. Romanın, din ve tarihle ilgili tartışmaları ateşlemiş olması, birçok okur ve eleştirmen tarafından da çok konuşulan bir konu olmuştur.