Roman, Fransız Devrimi’nin hemen öncesi ve sırasında, iki büyük şehirdeki sosyal adaletsizlikler ve devrimsel değişimlerle bağlantılı olayları anlatır. Hikayenin ana karakterleri, Paris’teki zengin aristokratlar ve Londra’daki sıradan halk arasında geçiş yapan, karmaşık bir kaderi olan insanlardır.

Hikaye, Dr. Manette ile başlar. Dr. Manette, Fransız aristokratları tarafından haksız yere hapsedilmiş bir tıp doktorudur. Yirmi yıl boyunca Bastille’de hapis kalan Dr. Manette, bir gün serbest bırakılır ve Londra’ya yerleşir. Oğlunu, Lucie Manette’yi bulur. Lucie, Londra’da yaşayan genç bir kadındır ve babasını bulduğunda ona büyük bir sevgi ve şefkatle yaklaşır. Lucie’nin hayatı, Dr. Manette ile yeniden birleşmesinin ardından, birlikte huzurlu bir yaşam kurmaya başlar.

Lucie’nin hayatındaki diğer önemli karakter ise Charles Darnay’dır. Charles, Fransız bir aristokrat ailesinin varisidir. Ancak, ailesinin yaptığı zulümlerden dolayı onları reddeder ve Londra’da yaşamaya başlar. Lucie ile tanıştığında, ikisi arasında güçlü bir aşk başlar. Darnay, bir zamanlar ailesinin parçası olmasına rağmen, onları terk etmiş ve halkın yanında yer almıştır.

Ancak, Darnay’nin geçmişi, onu bir gün Paris’e geri götürür. Fransız Devrimi sırasında, aristokratlara karşı yapılan şiddetli isyanlar patlak verir ve Darnay, ailesinin soylu geçmişi nedeniyle bir tehdit haline gelir. Bir gün, Darnay Paris’te tutuklanır ve idam cezası için mahkemeye çıkar. Lucie ve babası, onu kurtarmak için Londra’dan Paris’e gelirler. Burada, Sydney Carton adlı bir İngiliz avukatı da devreye girer. Sydney Carton, aslında düşük bir moralde ve hayattan umudunu kesmiş bir adamdır, ancak Lucie’ye duyduğu büyük bir aşkla değişir. Carton, her şeyden önce Lucie’nin mutlu olmasını ister.

Romanın doruk noktasında, Carton, Darnay yerine idam edilmesi için kendi hayatını feda eder. Carton, Lucie için hayatını vereceğini ifade eder ve son bir kez Paris’teki halkı sakinleştirirken, büyük bir fedakarlıkla Darnay’in yerine geçer. Bu olay, romanın en güçlü anlarından biridir ve Carton’un, Lucie’yi mutlu etmek adına yaptığı bu fedakarlık, onun gerçek bir kahraman olarak tanınmasına yol açar.

Romanın sonunda, Dr. Manette ve Lucie, büyük bir kayıptan sonra huzurlu bir şekilde yaşamaya devam ederler, ancak Carton’un ölümünden dolayı büyük bir acı da yaşarlar. Sydney Carton’un son düşüncesi, onun son anlarında bile, Lucie için hayatını feda etmesinin bir anlam taşımasıdır.

İki Şehir Hikayesi, tarihsel bir çerçevede, toplumsal adaletin, bireysel fedakarlığın ve devrimlerin insan ruhu üzerindeki etkilerini derinlemesine inceleyen bir eserdir. Dickens, insanların içsel gücünü ve aşkın insan hayatındaki dönüştürücü etkisini anlatırken, aynı zamanda 18. yüzyılın sonlarındaki toplumsal adaletsizlikleri ve bu adaletsizliklere karşı halkın tepkisini de gözler önüne serer.